在超人警備隊阿島隊員的故鄉，有市民目睹一條古老的村在剎那間出現，又在瞬間突然消失了……根据研究，有可能是外星人運用「得奇粒子」的能量，令時空產生變化，把已成歷史的老村莊重現眼前，產生時光倒流的現象……村中一位老伯的手掌上，有幾度神奇的貝殼傷痕，時光倒流，把這位老伯帶回歷史之中，揭開了一幕幕感人的往事……故事中男主角背棄盟誓，一去不返，現在是女主角報復的時候了。到底外星人跟這個故事有何關係？七星俠又如何對外星人？

超人警備隊的里美回到故鄉，無意中發現了一本描寫「大鐵人」秘密的書籍，多年前她爸爸為了出版這本書被外星人所殺，今天 里美再與寫這本書的叔叔重逢。

外星人恐怖分子拿著一種稱為「菠蘿蛋」的化學武器來到了東京，目的是在地球試驗這種武器的威力。超人警備隊今次的任務，是要在東京找出外星人的蹤跡，並把「菠蘿蛋」一併毀滅。隊員水野最近戀上了一個貌若天仙的女牙醫，在毫無防禦的情況下，跟隨她到了一個奇怪的貨倉，在那裡，水野發現了「菠蘿蛋」，這位令水野神魂巔倒的美女終於露出了真面目……在愛情與地球的存亡兩者之間，水野將會如何取捨？七星俠又會如何把外星人的陰謀粉碎？

地球防衛軍的總指揮古橋參謀往宇宙進行友好計劃，在太空船內離奇被殺，而其他工作人員亦不幸遇害，外界對於這宗事件諸多揣測……

宮西村突然出现大量黄金，使得村民为了争抢而大打出手。一个漂浮在空中的奇怪的眼球从村民身体里吸出些什么，村民们立刻就平静了下来。这时，诸星团来到了这里……

北川市郊外的湖内突然出现了恐龙。于是奥特警备队将恐龙冷冻，请环境生态学的户根崎教授进行调查。在夜间恐龙突然消失。同时户根崎教授面前出现了一对神秘男女，自称是他们让恐龙复活的。他们发明了理想的未来城市「生态都市」。对地球环境恶化感到焦虑的户根崎教授为了实现理想而协力，不过这却是梅特龙星人的可怕陷阱。

450年前，企图称霸宇宙的哈迪斯大帝战败而被幻神星人娜伦用史特拉石碑阵封印。450年后的现代，为了复活哈迪斯，其手下佐拉博士派遣机动骑士与宇宙巨兽攻击地球。幸运的是，在此同时，幻星神兽雷零守亦因此苏醒，而原来平凡的高中生伊达翔太、真田由加以及就读京南大学的平贺真也，受到召唤化身成为幻星神战士，负责保护地球这一神圣使命。一场星际战争，让人类文明在遥远的星球上开花结果。一个战乱纷飞的年代，涌现出无数的英雄人物，让“勇气”、“智慧”、“仁爱”三个力量拯救地球！

众羊狼为了寻找慢羊羊藏在世界某个角落的宝藏，踏上了神奇又精彩的寻宝之路。他们穿上...

《神兽金刚3超变星甲》是神兽金刚第三季作品。剧情延续神兽金刚2天神地兽。